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1、發酵池發酵

微生物發酵時是給雞糞中加入雞糞發酵劑菌種進行發酵，一般是按1000公斤的干雞糞加入2公斤的雞糞發酵劑菌種，也可用700公斤的濕雞糞加上300公斤的秸干或者是稻糠，再加2公斤的雞糞發酵劑菌種進行發酵。

微生物發酵時要先準備一個不滲水的池子或大容器，把新鮮的干雞糞倒入池子或大容器中，用鐵鍬攪拌，使其細碎留著備用。

把雞糞發酵劑菌種用井水或者是河水稀釋，一般是2公斤的雞糞發酵齊菌種加入600公斤的水進行攪拌稀釋，也可根據雞糞的干濕程度加水稀釋，雞糞干的話，多加點水，雞糞濕的話，少加點水。

將稀釋好的雞糞發酵劑菌種倒入裝有干雞糞的池子或容器中，用鐵鍬攪拌使雞糞和雞糞發酵劑菌種完全混合均勻，攪拌好的雞糞和雞糞發酵劑菌種混合物干濕程度要以用手可以捏成團感覺有水但沒有水滴下來為好，不能太濕，太濕了容易發酸，也不能太干，太干了就不能完全發酵。

這些工作都做完后，把雞糞和雞糞發酵劑菌種混合物在池子或容器中壓實，排出混合物中的空氣，再用塑料膜封閉，池子或容器中不能存有空氣，春天和秋天7天就可以發酵好了，夏天時間短點，5天就可以，冬天時間要長一點，需要10天左右，一般是沒有臭味即為發酵好了。

2、堆肥發酵

堆肥發酵是在條堆式自然發酵基礎上，在堆制好的雞糞條堆上灑讓雞糞有機肥發酵劑，然后利用翻堆機對堆肥進行翻堆攪拌，使發酵劑與雞糞混合均勻，雞糞有機肥是采用腐熟劑發酵技術，它含有植物所需的中微量元素、有益生物活性菌及多種酶，這些微生物菌在土壤中的生命活動，能固定空氣中氮素，疏松土壤、分解土壤中長期使用化肥固化的磷鉀礦物質，為作物提供足夠的多種營養元素。